在核武器销毁工程中，最困难、最危险、最复杂、最麻烦的就是核弹头的销毁。这是因为核弹头中含有大量高放射性核材料，其核装药的TNT当量往往在几万吨至几百万吨之间。这些核材料浓度极高，一旦不慎泄露，将对人员、生物和环境造成极大危害。因此，销毁核弹头并不比制造核弹头简单。

正因为如此，就连美苏中程导弹条约也没有对如何处理弹头中的核装置做出具体规定。虽然条约要求导弹弹头运往销毁地点前必须拆除弹头中的核装置，但却没有明确拆除后的核装置该如何处理，只能作为能源和燃料和平利用。这虽然是中程导弹条约的一个明显缺陷，但也从另一个角度表明了销毁核装置的难度和危险性。

其实，核装药销毁主要采用深埋法，将核弹头上的钚或铀氧化、重整，与其他放射性废物混合，固化在具有防辐射性能的玻璃、陶瓷、金属或水泥桶内，置于特制的大型固化陶瓷罐内，再装入巨大的高密度钢箱内深埋地下，永不见天日。

为了确保运输和储存的安全，这些放射性物质被加入黏合剂和催化剂，使其更加坚固。在运输过程中，通常使用屏蔽同位素车辆运往指定区域，将核材料深埋地下，与生物界隔绝至少300年。或者放置在水文地质稳定的深海中，以防止某些国家或组织获得核弹头中的核材料，并利用其为本国或组织制造核武器。

由于破坏过程中会产生很多有毒物质，这些物质极易溶于水，一旦进入土壤，毒性会长期存在，若处理不当，将引发类似切尔诺贝利核事故的核污染灾难，后果不堪设想。回想起日本福岛核电站的灾难，恐慌与阴影依然笼罩在人们心中。

因此，销毁核燃料时必须选择良好的深埋地点。深埋地点的选择必须充分考虑地理、气象、水文、人口分布、生态环境、区域经济发展水平等因素。通常应选择在地质稳定、水位较低、地理条件良好、人口稀少、交通不便的地方。

从地质条件看，最好选择深埋在坚硬的岩石中，没有切穿地壳的深大断层，地震烈度一般不超过7度的地方。销毁核材料放置深海时，水深一般大于4000米，如英国、法国在西班牙海、爱尔兰海放置了大量固化的核废料。

核武器“变废为宝”

销毁核武器并不意味着彻底销毁所有核武器材料，因为许多核武器材料仍然具有巨大的和平利用价值。

大量贵金属被用于制造导弹、飞机、潜艇等运载工具或发射设施以作销毁，以及核弹头的外壳，它们极其坚固，利用价值极高，因此通常会被拆下来用于其他领域。

为此，美俄两国专家都提出了可以采用的清单和办法。导弹的自动控制系统控制精度高，完全自动化，可以“和平改装”成蔬菜仓库、汽车库的恒温系统，也可以改装成供水设备，这样就可以在民用领域发挥作用。发射导弹的平台和塔架高达十几米甚至几十米，可以改装成起重机，成为巨型起重设备。

苏联与联邦德国联合把SS-20导弹发射车改装成六轴起重机，把导弹可用部分变成有特殊价值的民用产品。

即便是核燃料，也并非完全没有价值。据报道，美国在得克萨斯州潘特克斯工厂（隶属于能源部）拆除了潘兴-2导弹和陆基巡航导弹弹头的核装置，共计回收了2吨钚和4吨浓缩铀，这是相当可观的核燃料数量。

为此，美国采取了“变废为宝”的技术措施，将钚加工成氧化钚，同时将铀经过特殊加工制成低浓缩铀，再制成燃烧元件，运往核电站，作为轻水核反应堆的燃料，达到发电的目的。

但无论是直接销毁核武器，还是重新利用部分核武器材料，都需要耗费巨额资金。相关数据可以说明这一点：2010年4月，美国和俄罗斯签署了进一步削减核武器的协议。根据这一协议，俄美两国将在各自国家销毁（包括重新利用）34公吨钚。为实施这一计划，美国将花费4亿美元，而俄罗斯由于销毁数量和处理方式不同，预计花费35亿美元。